省科學院動物所拼接完成果子貍染色體水平基因組
發布時間：2022-05-20
廣東省科學院動物研究所劉蘋博士和陳金平研究員等開展的果子貍基因組研究取得新進展，研究結果以“The Assembled and Annotated Genome of the Masked Palm Civet (Paguma larvata)”發表于雜志《GigaScience》（IF：6.524），5月19日正式刊出。
果子貍曾經作為SARS冠狀病毒的中間宿主，將SARS從蝙蝠傳播給人類。果子貍仍然有將人畜共患病毒傳染給人類的可能性，可能會對人類健康造成重大威脅。本研究組拼接了果子貍染色體級別的參考基因組，為果子貍及其近緣種的免疫調節機制、遺傳分化和適應性進化研究提供了理想的參考基因組。
本研究聯合使用PacBio測序、Illumina測序和Hi-C技術組裝了果子貍染色體水平基因組?；蚪M組裝大小為2.44 Gb，其中95.32%可掛載到22條染色體上（圖1），contig N50和scaffold N50分別為12.97 Mb和111.81 Mb。預測了21,582個蛋白質編碼基因，其中95.20%的預測基因可以注釋到功能。
圖1 果子貍基因組染色體及基因密度
對19個動物物種的系統發育分析證實了果子貍與貓科物種之間的密切親緣關系（圖2）?；蚣易寰垲惤沂玖斯迂偦蚪M中119個獨特的、362個顯著擴展的和58個顯著收縮的基因（圖2）。我們在果子貍中鑒定了971個陽性選擇基因，并且在果子貍中陽性選擇了一個已知的人類病毒受體基因PDGFRA，這是人類巨細胞病毒（HCMV）感染所必需的。
圖2 19個物種的系統發育關系、分化時間（百萬年），一級基因家族收縮和擴張情況
果子貍高質量的基因組組裝為探索病毒-宿主相互作用提供了有價值的基因組資源，也將為研究該物種的形態特征、適應性進化和進化史的遺傳基礎提供可靠的參考。
該研究獲得了廣東省科學院科技發展項目（2020GDASYL-20200103090），廣東省林業局野生動物和流行病監測項目的支持。
附全文鏈接：https://academic.oup.com/gigascience/article/doi/10.1093/gigascience/giac041/6588112?searchresult=1